Die Klosteranlagen waren 1629 fertiggestellt, die Kirche 1657 dem Heiligen Franziskus geweiht. In Tradition der Klosterlehre der Kapuziner fällt die architektonische Gestaltung der Gebäude im Vergleich zu benachbarten Barockgebäuden sehr schlicht aus, Ausnahme ist der große barocke Altar von Johannes Seiz im Kirchenraum, welcher wie viele andere sakrale Gegenstände eine Spende der jeweils amtierenden Kurfürsten waren.

1813 wurde das Kloster wie viele andere in napoleonischen Gebieten säkularisiert, die meisten Gebäude abgerissen. Vom preußischen Staatsbesitz ging die Anlage 1861 zurück an die Kapuziner, doch im Jahre 2008 zogen die letzten Kapuziner aus. Das traditionsreiche Kloster wurde 2013 eine Ordensniederlassung des Deutschen Ordens. Die Kirche ist seit 2010 die Pfarrkirche von Ehrenbreitstein und hat als solche die Funktion der inzwischen geschlossenen Kreuzkirche im „Kirchengemeindeverband Koblenz Rechte Rheinseite“ des Dekanat Koblenz übernommen.